S účinností ke dni 1.1.2013, byla na základě zákona č. 503/2012 Sb. o Státním pozemkovém úřadu, provedena transformace Pozemkového fondu České republiky.

Pozemkový fond byl tímto zákonem zrušen, přičemž stejným předpisem došlo ke zřízení Státního pozemkového úřadu jako úřadu s celostátní působností. Podle § 2 nového zákona je státní pozemkový úřad tvořen ústředím Státního pozemkového úřadu a krajskými pozemkovými úřady.
Státní pozemkový úřad je oprávněn vykonávat působnost dle zákona č. 229/1991 Sb., o úpravě vlastnických vztahů k půdě a jinému zemědělskému majetku, podle zákona č. 139/2002 Sb., o pozemkových úpravách a pozemkových úřadech, jakož i působnost dle zákona č. 92/1991 Sb., o podmínkách převodu majetku státu na jiné osoby. Je dále příslušný hospodařit s nemovitostmi, které byly k 31.12.2012 ve správě Pozemkového fondu České republiky. Státní pozemkový úřad nadále bude pokračovat v činnosti Pozemkového fondu České republiky i v duchu dalších zákonů, především pak v oblasti vypořádávání restitučních nároků, jakož i v oblasti vypořádání s církvemi a náboženskými společnostmi.